Le SARS-CoV-2 est un bêta-coronavirus à ARN simple brin, enveloppé, à sens positif, appartenant à l'ordre des nidovirales. Au cours des trois premiers mois depuis son identification initiale en décembre 2019, le SARS-CoV-2 a causé plus de 800 000 cas confirmés et plus de 40 000 décès dans le monde du syndrome respiratoire aigu sévère associé COVID-19 (coronavirus disease 2019)1.
A l'heure actuelle, aucun vaccin n'est disponible pour freiner la propagation du virus. Une source potentielle pour la thérapeutique du COVID-19 sont les réactifs antiviraux existants qui sont soit déjà approuvés, soit en cours de développement pour le traitement des deux autres syndromes respiratoires - le SRAS et le MERS - causés par des coronavirus humains (hCoVs)2,3. Une compréhension plus approfondie de la fonction du virus et de ses protéines est essentielle pour l'application ciblée des médicaments existants et la découverte de nouveaux médicaments4,5,6.
Le génome de 30 kb du SARS-CoV-2 code 16 protéines non structurelles (Nsp1-16), quatre protéines structurelles (pic, enveloppe, nucléocapside, membrane) et neuf facteurs accessoires putatifs7. Nombre de ces protéines et polypeptides ont un certain nombre de partenaires d'interaction, en particulier dans les cellules pulmonaires, principal site d'infection du virus. Ces interactions avec la cellule hôte déterminent la capacité du virus à infecter la cellule, à reproduire son génome et à déclencher la production et la libération de nouvelles particules virales. En outre, plusieurs protéines du virus semblent avoir des partenaires d'interaction affectant les voies de l'immunité innée, telles que la voie de signalisation de l'interféron, la réponse inflammatoire NF-kappa B, la production d'interféron de type I et l'activation d'IRF-3.
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Au moins certains des membres du troisième groupe de protéines du SARS-CoV-2, les neuf facteurs accessoires (Orf3a-10), ont été impliqués dans la conduite de la progression du COVID-19. L'Orf3a induit l'apoptose et activerait le NF-kB et l'inflammasome NLRP3 impliqués dans la pyroptose, une forme hautement inflammatoire d'apoptose. Les antagonistes de l'interféron (IFN) de type I, Orf6 et Orf9b, inhibent la réponse IFN, les plus importantes cytokines antivirales innées.
Certaines de ces fonctions de régulation sont partagées avec d'autres virus humains pathogènes. Par conséquent, une compréhension plus approfondie de ces mécanismes peut conduire à l'identification de cibles et au développement de nouvelles thérapies pertinentes pour les futures pandémies virales.
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